디자인과 재질의 가공 용이성을 따져서 뒤로 혹은 아래로 빼는게 아닌가 싶습니다.
대부분 배터리커버가 사이드 프레임을 덮지 않는 얇은 삼성폰의 경우,아무래도 하단에 스피커를 넣으려면 프레임 자체에 구멍을 뚫어야 하는거고, 뒤로 빼면 플라스틱 배터리 커버에 구멍 살짝 뚫으면 될테니까요.
(혹여 플랫하여 막히면 소리가 안들릴까봐 스피커 그릴에 약간의 굴곡을 주더라도 플라스틱 성형 및 사출이 좀더 용이하겠죠)
(노트3에서는 뒷면의 가죽스티치 모양에 한껏 뽐을 냈으니 그 부분을 뚫고싶지 않았을 수도 있겠습니다. 무리하여 크롬부분을 뚫어버렸죠)
배터리커버가 있음에도 불구하고 하단에 스피커가 있는 LG G2 의 경우는 베터리커버 자체가 프레임까지 감싸는 형태라 플라스틱에 구멍 뚫고 말면 그만이였겠죠.
그에 반해 일체형 배터리에 배터리 커버또한 없고, 깻잎통조림같은 직육면체 형태의 아이폰4 시리즈, 엑스페리아 Z~Z1 까지는 앞뒤가 유리인 관계로 그곳에 구멍을 뚫어서 스피커를 내기보다는 사이드 프레임에 구멍을 뚫은게 나았을수도 있었겠죠.
아이폰5로 와서는 얇은 메탈뒷면에 구멍뚫기는 어려운 상태일거고. 엑스페리아Z2 의 경우 스테레오 스피커를 염두해두고 앞으로 스피커를 내는데 있어 사이드 메탈을 감싸고 있는 플라스틱 부분에 스피커를 위치시킵니다. 역시나 플라스틱이 사출 및 성형이 용이하긴 할테니까요.
(그러다보니 수화부분이 너무 위로 올라가서 전화받을때 평소보다는 폰 자체를 약간 아래로 내려서 받아야하는 어정쩡함이 피드백에 들어간건지 Z3 에서는 아예 앞면 유리에 구멍 두개 뚫어서 스피커를 냈습니다. 그때문에 덮어버리면 소리가 아예 막혀버리는 단점도 수반되었죠)

뭐 이러나 저러나 제조사측의 제조용이함에 따라, 제조의 용이함을 따지지 않는다면 디자인에 따라 방향을 결정하는거 같습니다.